冠状病毒是一大类病毒，可导致严重程度范围广泛的疾病。冠状病毒引起的第一个已知的严重疾病是2003年在中国爆发的严重急性呼吸系统综合症（SARS）。 2012年，沙特阿拉伯爆发了第二次严重疾病，爆发了中东呼吸综合症（MERS）。其他几个研究机构的Andersen和合作者使用此测序数据，通过重点研究该病毒的几种典型特征来探索SARS-CoV-2的起源和进化。
科学家分析了刺突蛋白的遗传模板，刺突蛋白是病毒外部的骨架，用来捕获并穿透人和动物细胞的外壁。更具体地说，他们集中研究了刺突蛋白的两个重要特征：受体结合域（RBD）（一种钩住宿主细胞的钩子）和裂解位点（一种分子开罐器），它可以使病毒裂解然后输入宿主细胞。
科学家发现，SARS-CoV-2刺突蛋白的RBD部分已经进化为有效靶向人细胞外部称为ACE2的分子特征，ACE2是参与调节血压的受体。实际上，SARS-CoV-2刺突蛋白在结合人类细胞方面是如此有效，以至于科学家得出结论认为，它是自然选择的结果，而不是基因工程的产物。SARS-CoV-2骨架的数据-整体分子结构支持了自然进化的证据。如果有人试图设计一种新的冠状病毒作为病原体，那么他们将利用已知会引起疾病的病毒的骨干来构建它。但是科学家发现，SARS-CoV-2主链与已知的冠状病毒有很大的不同，并且大多数类似于蝙蝠和穿山甲中发现的相关病毒。病毒的这两个特征，即刺突蛋白的RBD部分的突变及其独特的骨架，排除了实验室操纵作为SARS-CoV-2的潜在来源的可能性。
根据他们的基因组测序分析，Andersen及其合作者得出结论，SARS-CoV-2的最可能起源遵循两种可能的假设途径，一种是该病毒通过在非人类宿主中的自然选择演变为当前的致病状态，然后跳向人类。这就是以前的冠状病毒爆发的方式，人类直接暴露于果子狸（SARS）和骆驼（MERS）后感染了该病毒。研究人员提出，蝙蝠是SARS-CoV-2最可能的储存库，因为它与蝙蝠冠状病毒非常相似。然而，尚无蝙蝠直接传播的案例，这表明蝙蝠与人类之间可能存在其他中间宿主。另一种假设是，该病毒的非致病性版本从动物宿主跃入人类，然后在人群中演变为目前的致病状态。例如，一些来自穿山甲，在亚洲和非洲发现的犰狳类哺乳动物的冠状病毒的RBD结构与SARS-CoV-2非常相似。来自穿山甲的冠状病毒可能已经直接或通过中介宿主（如果子狸或雪貂）传播给了人类。研究人员发现，SARS-CoV-2裂解位点看起来与禽流感菌株的裂解位点相似，该株已证明可以在人与人之间轻易传播。 SARS-CoV-2可能已经在人类细胞中进化出了这种强力裂解位点，因为冠状病毒可能已经变得更有能力在人与人之间传播，才造成了当前的大流行传染病。
