毛细管电泳的类型主要有三种：毛细管区带电泳、毛细管等电聚焦电泳、毛细管凝胶电泳。毛细管电泳一般包括三个步骤：电泳柱的制备，平衡；进样；电泳分析。其电泳柱的制备方式不同于前面所介绍的任何电泳；其进样方式也不同于常规电泳，而采用流体力学方式，与ＨＰＬＣ的相似；其电泳分析也不同于常规电泳的染色后分析，而采用在线分析。
      毛细管电泳的主要特点是柱效更高，分析更快，操作灵活、多样。在毛细管电泳中，扩散对分辨率的影响可以忽略，而毛细管内的电渗、样品同管  壁的吸附作用则是影响分离效率的两个主要因素。由于毛细管内壁表面带有离子化基团，使得管壁不同程度地吸引样品分子，造成非均一性电渗流而影响分离。为此，可以通过使蛋白质与管壁的硅羟基都不带电或都带负电荷来改善这种吸附和电渗情况，但更有效的解决方法是对毛细管内壁进行改性。因此在毛细管电泳中，毛细管电泳柱的制备是一个重要环节，其制备主要包括键合涂层和吸附涂层。通过对石英毛细管内壁进行涂层处理，能有效地减少毛细管内壁对蛋白质的吸附作用，从而抑制电渗，提高柱效，改善分离效果，如常见的硅烷化处理。

       毛细管电泳的另一主要特点是它能实现在线检测，其检测器主要有紫外可见光检测器、荧光检测器和激光诱导荧光检测器，三者的检测灵敏度不断提高，但后两者需对样品进行衍生化处理。

在线检测和自动化操作，因此它已成为一种高效分离技术，并常与质谱等分析仪器联用，实现对样品的快速、高效分离分析。毛细管电泳的分离原理同常规电泳。